Fakultas Ekonomi Universitas Jenderal Soedirman (UNSOED) berdiri dengan SK Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) No. 127 Tahun 1963 tanggal 9 Oktober 1963. Pada waktu itu Fakultas Ekonomi UNSOED masih menempati gedung Balai Desa Purwokerto Lor dan gedung Kesenian Jl. Ragasemangsang No. 384 Purwokerto. Jurusan yang ada barulah Ekonomi Perusahaan dan Ekonomi Pertanian.
Sebagian besar tenaga pengajar adalah tenaga pengajar dari Universitas Gajah Mada (UGM) Yogyakarta. Kemudian pada tahun 1971 Fakultas Ekonomi pindah ke Gedung di Kalibakal (Kampus Kalibakal) sampai tahun 1983.
Sarjana yang pertama dihasilkan Fakultas Ekonomi pada tahun 1974 sebanyak 24 mahasiswa melalui ujian pendadaran yang dilaksanakan oleh tenaga pengajar dari UGM. Pada tahun 1975, Fakultas Ekonomi baru lepas dari binaan UGM dan menggunakan tenaga pengajar dari Universitas Jenderal Soedirman.
Untuk yang ketiga kalinya pada tahun 1984 Fakultas Ekonomi pindah lagi ke gedung baru di Kampus UNSOED Grendeng Purwokerto sampai sekarang.
Jurusan dan program studi yang ada sebagai berikut:
1. Jurusan IESP dengan Program studi Ekonomi & Studi Pembangunan
2. Jurusan Manajemen dengan Program studi Manajemen
3. Jurusan Akuntansi dengan Program studi Akuntansi
Selanjutnya Fakultas Ekonomi membuka Program Pendidikan Diploma Tiga (D3) yang waktu itu dikenal dengan Program Pendidikan Ahli Administrasi Perusahaan (PAAP). PAAP didirikan dengan SK Dirjen Dikti Depdikbud No. 052/DJ/Kept./1982 tanggal 17 Nopember 1983. PAAP memiliki dua program studi; Program Studi Administrasi Keuangan dan Program Studi Kesekretariatan. Staf pengajar berasal dari Fakultas Ekonomi dan beberapa praktisi di Purwokerto.
Pada tahun 1994, Fakultas Ekonomi membuka pendidikan program S1 Non Reguler (Ekstensi) untuk Program Studi Manajemen berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Repulik Indonesia No. 102/DIKTI/Kep/1994 tertanggal 19 April 1994. Pada tahun akademik 1997/1998 Fakultas Ekonomi menambah 1 (satu) program studi D3 baru yaitu Program Studi D3 Akuntansi dengan SK Dirjen Dikti No. 101/DIKTI/Kep/1998. Sementara Program Studi Akuntansi dan Program Studi Ekonomi Pembangunan S1 Non Reguler masing-masing menyusul pada tahun 1998 dan 2000.
Untuk antisipasi sekaligus pemenuhan tuntutan perkembangan permintaan pasar tenaga kerja yang mengarah kepada ekonomi global, maka mulai tahun akademik 2001/2002 membuka Program Studi D3 Bisnis Internasional dengan SK Dirjen Diknas No. 1851/D/T/2001.Pada tahun akademik 2006/2007 melalui SK Rektor Unsoed No. Kept. 205/J23/KP/2006 Fakultas Ekonomi menyelenggarakan kelas Internasional.
Kelas Internasional yang diselenggarakan program Strata 1 reguler yaitu Program Studi Manajemen, Program Studi Akuntansi dan Program Studi Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan.
Saat ini jurusan dan program studi yang ada sebagai berikut:
Strata 1:
1. Jurusan Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan
Program studi Ekonomi & Studi Pembangunan (akreditasi A)
(Reguler, Internasional, dan Non Reguler)
2. Jurusan Manajemen
Program studi Manajemen (akreditasi A)
(Reguler, Internasional, dan Non Reguler)
3. Jurusan Akuntansi
Program studi Akuntansi (akreditasi B)
(Reguler, Internasional, dan Non Reguler)
Diploma 3:
1. Program studi Kesekretariatan (akreditasi B):
2. Program studi Administrasi Keuangan (akreditasi B):
3. Program studi Akuntansi (akreditasi B):
4. Program studi Bisnis Internasional (akreditasi B):
